שיחות שהתנהלו בין מצרים לבריטניה, בתחילת שנות החמישים, על פינוי הצבא הבריטי מתעלת סואץ, גרמו לדאגה בישראל.
בשנת 1952מודיעין צה"ל העלה רעיון לחבל בחשאי במתקנים מערביים במצרים, כך שהפעולה תיראה כאילו נעשתה על-ידי מחתרת לאומנית מצרית, ובכך לפגוע ביחסים שבין מדינות המערב למצרים.
הוקמו שני תאים חשאיים של יהודים מצרים, שהוכשרה למטרות ריגול וחבלה, האחד בקהיר בראשותו של ד"ר משה מרזוק, והאחר באלכסנדריה בראשותו של סמי עזאר. אנשי החוליה הטמינו פצצות בבתי קולנוע, במשרד דואר ובמרכזי מידע של ארה"ב בקהיר ובאלכסנדריה.
 
חלקו של אלי כהן בפרשה, היה לשכור חדר לצורך מפגשיו של סמי עזאר וחבריו. בשנת 1954, נלכדו המעורבים בפרשת "העסק הביש".
אלי כהן נעצר, אך שוחרר מייד. חקירת המשטרה לא הצליחה להפליל אותו, הוא יצא זכאי מחוסך הוכחות, אך שמו ותצלומו הוכנסו לאלבום החשודים. סופם של המעורבים בפרשת "העסק הביש" ד"ר משה מרזוק וסמי עזאר נשפטו והוצאו להורג בתלייה בשנת 1955, ושאר חברי הרשת, נשפטו ונכלאו. תמונה של השניים כשחבל מתהדק לגרונם, מתנוססת למחרת בעיתונים המקומיים. אלי חש צביטה בליבו על סופם של שניים מידידיו. באותו רגע חדרה לתודעתו ההכרה שעוד יום יבוא יום נקם ושילם.
וכאן החל הקשר הראשון של אלי כהן עם המודיעין הישראלי, בכדי לעבור קורס בארץ ישראל.