לאחר מבצע "קדש" ב 30 בנובמבר 1956, בשעה 4 לפנות בוקר, התדפקו על דלת בתו של אלי, אנשי ביטחון והורו לו להתלוות אליהם לתחנת המשטרה לחקירה.
אלי חשש שהתגלה סוד ביקורו בארץ והקורס שעבר בישראל. כשהגיע לתחנת המשטרה התברר ששלטונות מצרים, עצרו אלפי יהודים והעבירו אותם למחנה מעצר ללא חקירה.
אלי שוחרר ממעצרו עם מאות יהודים, והם גורשו לאיטליה, ומשם ב 8 לפברואר 1957 הגיע לישראל בפעם הראשונה.

מקורות החיים והתחקירים שנערכו לאלי במוסד 5 ימים בלבד לאחר עלייתו ארצה (13.2.57) בו הוא מביע נכונות להישלח למדינה ערבית.